本文關鍵詞：細菌鑒定、菌種鑒定、微生物檢測、微生物鑒定、API試紙條、VITEK鑒定、biolog鑒定、生理生化、表型鑒定、血清學鑒定
微生物傳統(tǒng)表型鑒定方法主要根據(jù)微生物的形態(tài)特征和理化特性來區(qū)分不同微生物間的差異。形態(tài)特征包括：顯微形態(tài)和培養(yǎng)特征；理化特性包括：營養(yǎng)類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應、酶反應和血清學反應等。
微生物傳統(tǒng)表型鑒定是一種經典的微生物分類鑒定方法，以微生物的形態(tài)和習性等表型為主要指標，通過比較微生物的菌落形態(tài)、理化特征和特征化學成分與典型微生物的差異進行鑒別。（表1）
| 分類 | 形態(tài)特征和理化特性 |
| 培養(yǎng)物 | 菌落形態(tài)、菌落顏色、形狀、大小和產色素 |
| 形態(tài)學 | 細胞形態(tài)、細胞大小、細胞形狀、鞭毛類型、內容物、革蘭染色、芽孢和抗酸染色、孢子形成模式 |
| 生理學 | 氧氣耐受性、pH值范圍、最適溫度和范圍、耐鹽性 |
| 生化反應 | 碳源的利用、碳水化合物的氧化或發(fā)酵、酶的模式 |
| 抑制性 | 膽鹽耐受性、抗生素敏感性、染料耐受性 |
| 血清學 | 凝集反應、熒光抗體 |
| 化學分類 | 脂肪酸構成、微生物毒素、全細胞組分 |
| 生態(tài)學 | 微生物來源 |
目前微生物傳統(tǒng)鑒定方法的有：
1、API微生物系統(tǒng)鑒定API 微生物鑒定系統(tǒng)以微生物生化理論為基礎,根據(jù)微生物對所屬類群選擇適當?shù)纳砩b定系列，包括分析各種生理條件（溫度、pH、氧氣、滲透壓）、生化指標（唯一碳氮源、抗生素、酶、鹽堿性）代謝反應析，并將結果轉化成軟件可以識別的數(shù)據(jù)，進行聚類分析，與已知的參比菌株數(shù)據(jù)庫進行比較，最終對未知菌進行鑒定的一種技術。
2、VITEK全自動微生物鑒定VITEK對細菌的鑒定是以每種細菌的微量生化反應為基礎，不同種類的VITEK試卡（檢測卡）含有多種的生化反應孔。將待檢菌的純菌落制成符合一定濁度要求的菌懸液，經充填機將菌懸液注入試卡內，封口后放入讀數(shù)器/恒溫培養(yǎng)箱，根據(jù)試卡各生化反應孔中的生長變化情況，由讀數(shù)器按光學掃描原理，定時測定各生化介質中指示劑的顯色(或濁度反應，然后把讀出信息輸入電腦儲存并進行分析，再和預定的閾值進行比較，判定反應，再通過數(shù)值編碼技術與數(shù)據(jù)庫中反應文件進行比較，最后得到鑒定報告。
3、BIOLOG碳源自動分析鑒定BIOLOG鑒定系統(tǒng)以微生物對不同碳源的利用情況為基礎，檢測微生物的特征指紋圖譜，建立與微生物種類相對應的數(shù)據(jù)庫。通過軟件將待測微生物與數(shù)據(jù)庫參比，得出鑒定結果。
4、Sherlock全自動細菌系統(tǒng)鑒定采用Sherlock全自動細菌鑒定系統(tǒng)，通過對不同菌株的短鏈脂肪酸的種類和含量，繪制成脂肪酸圖譜進行分析，并與標準數(shù)據(jù)庫進行比對，來鑒定細菌及酵母。
微生物傳統(tǒng)表型鑒定已廣泛應用于藥品微生物實驗室。根據(jù)微生物表型鑒定所提供的信息可以判斷藥品中污染的微生物種類，也可掌握環(huán)境微生物菌群的變化，并進行產品的風險評估。在許多質量控制調查中，單獨的表型鑒定結果就能給出充足的信息幫助調查人員進行深入調查，并按需要制定適宜的糾正措施。但是，微生物傳統(tǒng)表型鑒定仍有很多不足，如：
1、微生物細胞的大小和形態(tài)、芽孢、細胞成分、表面抗原、生化反應和對抗菌劑的敏感性等表型的表達，除受其遺傳基因的控制外，還與微生物的分離環(huán)境、培養(yǎng)基和生長條件等因素有關。
2、微生物表型鑒定通常需要先取得大量的純培養(yǎng)物，而微生物的恢復、增殖和鑒定易受培養(yǎng)時間影響，事實上許多環(huán)境微生物在普通的微生物增殖培養(yǎng)基中是無法培養(yǎng)得到的。
3、一些從初始培養(yǎng)物中剛分離出的受損微生物還可能不能完整的表達其表型屬性。因此，在表型鑒定時應注意采用的培養(yǎng)基、培養(yǎng)時間和傳代次數(shù)對鑒定結果的影響。
4、傳統(tǒng)表型鑒定的結果需要鑒定人員進行判斷，易受到經驗等主觀因素的影響。
5、微生物在不同生長時期可能會表現(xiàn)出截然不然的表型特征，因此，即便是同一種菌如果在不同生長時期進行鑒定，鑒定結果也可能不同。
6、通過表型鑒定進行溯源調查時，溯源調查的準確性完全依賴于表型鑒定所得到的種屬信息，一旦無法得到準確的種屬信息，溯源就無法進行下去。